Merujuk kepada misi yang diemban, perencanaan pembangunan KRK menekankan pada konsep konservasi secara luas, yaitu untuk tujuan perlindungan, pengawetan dan pemanfaatan tumbuhan, utamanya asal Jawa dan lokal setempat. Perencanaan juga dilandaskan kepada keunggulan komparatif kawasan yang memiliki akses dan berdampingan dengan TNGC yang memilki kekayaan keanekaragaman hayati tinggi.

Hal ini akan diangkat dalam program-program yang dikemas untuk kegiatan rekreasi dan wisata berwawasan lingkungan yang dilandasi konsep ekowisata. Untuk itu alokasi ruang-ruang pengembangan diarahkan ke tiga hal utama, yaitu (1) penyelenggaraan konservasi tumbuhan melalui koleksi tumbuhan, utamanya lokal dan yang terdapat di TNGC; (2) pengembangan pusat penelitian tumbuhan Indonesia, khususnya Jawa; dan (3) penyediaan ruang untuk rekreasi dan pariwisata yang dilandasi konsep ecotourism.

Sesuai dengan potensi dan daya dukung ruang kawasan, keadaan sosial budaya dan ekonomi, maka rencana pola pemanfaatan ruang adalah sebagai berikut :

Area Penerima yang menyediakan ruang untuk fasilitas seperti : Gerbang Utama, Loket, Parkir, Pusat Informasi, Plaza, Toilet umum, Pos Jaga, Shelters.
Area Pendidikan Lingkungan dan Rekreasi yang menyediakan ruang antara lain : Pusat interpretasi dan Pendidikan lingkungan, Perpustakaan anak, Fasilitas permainan alam terbuka, Teater alam, Tempat rekreasi dan olah raga serta Restaurant.
Area Perlindungan di sekitar danau/situ, dengan taman tematik dan fasilitas terbatas.
Area Pengelolaan, Pelayanan, dan Penelitian yang mengakomodasi keperluan untuk, antara lain: Fasilitas perkantoran, Rumah dinas pengelola, Wisma tamu, Pusat penelitian, Laboratorium dan perpustakaan, green house, Gedung serbaguna, Fasilitas pemeliharaan bangunan, lingkungan, pengamanan dan kebakaran, serta Masjid.
Area Konservasi yang terbagi dalam 3 (tiga) subruang : (a) Area konservasi dengan fasilitas rekreasi terbatas yaitu canopy walk, menara pandang dan tree houses; (2) Area konservasi untuk tumbuhan koleksi Indonesia, khususnya Jawa, dan dunia serta taman tematik; dan (3) Area konservasi untuk tumbuhan lokal, buah-buahan dan taman tematik.